『FF：U』虽然是完全原创的故事，路行鸟与召唤兽、飞空艇等等、散布着ＦＦ系列相熟的要素。全新的最终幻想在此诞生了。

　　故事从一个突然出现在日本某处海上的不明黑色柱状物体开始，这个黑色柱状物体开始从异世界召唤召唤兽。一位地质学家Hayakawa博士与他的太太Marie冒险尝试穿过通往异世界的大门，最后安全地回到了地球，他们将他们的冒险经验写成了一本书。接着他们两夫妇又再次回到异世界，打算进行第二次探险，不过这次他们就没有那么幸运了..

　Hayakawa博士的孩子们Ai与Yuu，决定去寻找他们失踪的父母们。他们试着从父母亲最初旅行的线索开始找起，之后他们发现父母亲的出发点为异世界的地下铁站，而火车将在12点13分13秒启程前往异世界，就这样他们开始了他们寻找亲人的故事……