两个身份混乱的人，他们各自身为警方及黑社会的卧底，决心要离开这个不辨是非的处境，离开无间地狱，寻回自己。
1991年，刘健明（刘德华饰）18岁，屋村长大，三合会会员，听从黑社会大哥韩琛（曾志伟饰）的指示，加入香港警察，作为黑社会卧底。刘健明不负所望，用了七年时间晋升至警长，更有望升为见习督察。现为刑事情报科(CIB)A队的一员。其实刘的上位全因韩琛提供大量敌对帮派的犯罪情报。韩琛也乘势扩张，现已紧握油尖区毒品的供应源头。
　　1992年，陈永仁（梁朝伟饰）被警察训练学校强逼退学，表面理由：身体状况不适宜执行警务工作；机密理由：执行渗透进三合会的卧底工作。两年后，陈永仁因伤人被判守行为，两个月后再犯被判监十日，六年来共八次伤人记录，被法庭强制接受心理辅导。陈永仁现身职为红根，大佬是近三年活跃于油尖旺的下任坐馆韩琛。
　　2002年，3月份一个晚上，尖沙咀警区，重案B队根据卧底提供的情报，获知一批毒品快将交收。配合CIB的支持，重案B队已经锁紧目标人物韩琛，他过往曾经多次逃脱警方的罗网。结果双方的情报也被泄漏，警方行动失败，毒品交易也不成功，全数被倒入海中，双败而回，暴露了双方均有卧底潜伏的事实，引发两方面清除内鬼的决心。
　　两个命运迥异但又相近的角色，一个生死相扑的故事。陈永仁及刘健明在这个无间道的旅程均接受严峻的考验。到底是命运弄人，还是人定胜天。故事的结尾会是一个大家意想不到的结局。1