不远的未来，东京。这里有两个寻求“最强武器”的大组织。研究最强兵器开发的导示重工，和想要通过控制基因制造优秀人类的NSWF。他们一心想要得到的是，挑选出的，拥有最强的威力的女孩（东西）
“WITCHBLADE”，和能够自由控制她的力量。
震灾过后6年的东京，生活着一对母女：天羽雅音和梨穗子。两人梦想着共同生活而从儿童福利院逃出。但是，等待她们的是，WITCHBLADE带来的黑暗的力量，和过于残酷的命运……