随着第二集最后那个“to be concluded”的字幕，所有观众的心都被吊在了万丈悬崖边上：尼奥到底怎么啦？他怎么可能在“真实”世界里毁灭电子章鱼？他又如何能“感觉”到机器？已经侵入了班恩(Bane)大脑的史密斯又会对身处昏迷中的尼奥开展什么行动？

　　事实上，尼奥的身体在真实世界的飞船上处于昏迷状态，他的思维却被困在一个“中空”地带：那里既不是母体，也不是机器占领的真实世界。这个地方叫Mobile Avenue Train Station，显然是个火车站，不过是梅罗纹奇的势力范围(因此不受常规母体程序控制)。尼奥醒来时遇到了一个神秘的小女孩和她的父母，还碰见了“火车人”(The Trainman)，后者控制了该车站所有母体与机器世界之间的交通。